Focado em conectividade e mantendo o sucesso das versões anteriores:

As variáveis de ambiente podem ser setadas em vários lugares, como nos arquivos /etc/profile, /etc/bash.bashrc, ~/.bashrc ou em um arquivo do tipo sh, bash, ksh, ash, … no diretório /etc/profile.d/. Lugar que acho mais apropriado, padronizado e que esta ai para isso.

Então. Precisei da bendita variável JAVA_HOME. Pensei, no Slackware eu tinha os arquivos /etc/profile.d/[java|jvm|jre].[sh|csh] que setavam a variável de ambiente. Então porque não criar um /etc/profile.d/java.sh para fazer isso aqui no Ubunto?

O conteúdo do arquivo ficou o seguinte:

#!/bin/sh
export JAVA_HOME=”/usr/lib/jvm/java-6-sun”
export JRE_HOME=”/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre”
export CLASSPATH=”$CLASSPATH:.:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib”

Depois é só setar para o arquivo para executável:

$sudo chmod 775 /etc/profile.d/java/sh

Outra coisa que precisei fazer foi setar o arquivo /etc/profile para executável:

$sudo chmod 755 /etc/profile

Agora eu tenho as variáveis de ambiente JAVA_HOME, JRE_HOME e CLASSPATH. O mesmo pode ser feito para outros programas que utilizem variáveis de ambiente.